【文件属性】：
文件名称：matlabfig生成代码-TargetScanTools:一套用于对microRNA结合位点进行进化和功能分析的工具http://www.t
文件大小：142.31MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-26 23:40:04
系统开源
Matlab的无花果生成代码
TargetScan辅助工具
该存储库旨在与我们的提交一起提供。
有关更多信息，请参阅：
Agarwal
V，Subtelny
AO，Thiru
P，Ulitsky
I，Bartel
DP。
。
基因组生物学，19：152。
（2018）。
发行该代码是为了增强可重复性，并作为一组补充工具，以希望将来对其他使用新数据集的人有所帮助。
这些工具可用于多种生物中，以：
在带注释的基因中鉴定假定的miRNA结合位点，并在miRNA扰动数据集（即转染，诱导，敲除或敲除数据集）中可视化miRNA介导的阻抑（如图1所示）
使用UTR的全基因组多序列比对对短基序进化的性质进行统计分析（如图2所示）
优化和计算上下文特征，以帮助训练机器学习算法（如图3所示）
比较各种预测算法在测试集上的性能（如图4所示）
对于在结合3'UTR亚型信息的同时计算苍蝇或其他昆虫的环境得分的代码库，建议使用中提供的代码代替此代码。
如果您发现我们的代码或预先计算的fly
miRNA目标预测对您的工作有帮助，请引用上面的论文。
为了更好地理解进化分析的方法论细节，以下资源描述了原始实现[1]，蠕