文件名称：matlabfig生成代码-TargetScanTools:一套用于对microRNA结合位点进行进化和功能分析的工具http://www.t
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更新时间：2024-06-15 17:26:44
系统开源
Matlab的无花果生成代码 TargetScan辅助工具 该存储库旨在与我们的提交一起提供。 有关更多信息，请参阅： Agarwal V，Subtelny AO，Thiru P，Ulitsky I，Bartel DP。 。 基因组生物学，19：152。 （2018）。 发行该代码是为了增强可重复性，并作为一组补充工具，以希望将来对其他使用新数据集的人有所帮助。 这些工具可用于多种生物中，以： 在带注释的基因中鉴定假定的miRNA结合位点，并在miRNA扰动数据集（即转染，诱导，敲除或敲除数据集）中可视化miRNA介导的阻抑（如图1所示） 使用UTR的全基因组多序列比对对短基序进化的性质进行统计分析（如图2所示） 优化和计算上下文特征，以帮助训练机器学习算法（如图3所示） 比较各种预测算法在测试集上的性能（如图4所示） 对于在结合3'UTR亚型信息的同时计算苍蝇或其他昆虫的环境得分的代码库，建议使用中提供的代码代替此代码。 如果您发现我们的代码或预先计算的fly miRNA目标预测对您的工作有帮助，请引用上面的论文。 为了更好地理解进化分析的方法论细节，以下资源描述了原始实现[1]，蠕