RNAProt:对RBP结合偏好进行建模以预测RPB结合位点

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文件名称：RNAProt:对RBP结合偏好进行建模以预测RPB结合位点
文件大小：2.06MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-09 02:40:31
Python RNAProt RNAProt是基于递归神经网络（RNN）的计算RBP结合位点预测框架。 RNAProt被认为是一种端到端的方法，包括所有必要的功能，从模型训练中的数据集生成到结合偏好和结合位点预测的评估。 支持各种输入类型和功能，并附带全面的统计信息和可视化效果，以告知用户有关数据集特征和学习到的模型属性的信息。 目录 RNAProt框架 RNAProt利用CLIP-seq和相关协议确定的RBP结合位点来训练基于RNN的模型。 然后将模型用于预测给定输入RNA序列上的新结合位点。 下图说明了RNAProt框架及其一般工作流程： 黄色框标记必要的框架输入，蓝色框标记RNAProt的五个程序模式，绿色框标记框架输出。 箭头显示输入，模式和输出之间的依赖关系。 RNAProt接受FASTA或BED格式（转录本或基因组区域）的RBP结合位点。 后者还需要一个基因组序列文件（.2bit格式）