文件名称：TOBIAS:通过研究ATAC-seq信号预测转录因子的占有率
文件大小：4.57MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-24 12:36:05
bioinformatics atac-seq footprinting Python
TOBIAS-通过研究ATAC-seq信号预测转录因子的占有率 介绍 ATAC-seq（使用高通量测序进行转座酶可及性染色质测定）是用于研究全基因组染色质可及性的测序测定法。 该测定法应用Tn5转座酶将测序接头插入可利用的染色质中，从而能够绘制出基因组中调控区域的图谱。 另外，Tn5插入的局部分布还包含有关转录因子结合的信息，这是由于在被蛋白质结合的位点周围的插入处可见插入而导致的，这被称为“足迹” 。 TOBIAS是用于对ATAC-seq数据执行足迹分析的命令行生物信息学工具的集合，包括： Tn5插入偏差的校正 计算监管区域内的足迹得分 估计结合/未结合的转录因子结合位点 可视化不同条件之内和之间的足迹 有关每种工具的信息，请参见 。 安装 TOBIAS是作为python软件包编写的，可以通过pip快速安装： $ pip install tobias TOBIAS还可以通过Bio
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TOBIAS-master
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