transcription-factor-analysis:预测转录因子(TFs)的功能分析

时间:2024-04-08 19:35:27
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文件名称:transcription-factor-analysis:预测转录因子(TFs)的功能分析

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更新时间:2024-04-08 19:35:27

JupyterNotebook

转录因子分析 预测转录因子(TFs)的功能分析 该项目的目标是开发一种工作流程,以识别预测的TF的潜在靶基因。 由于前期需求请安装畅达: jupyter笔记本: pybedtools: gprofiler: ://pypi.org/project/gprofiler-official/ 我们鼓励您使用基于UNIX的系统。如果您运行Windows,请确保更改目录路径。我们建议您单独运行代码单元,以避免长时间运行图。 您可能遇到的问题: 如果“ gprofiler”不起作用,请确保您也将其安装在控制台中(bash) 如果那不能解决您的问题,请将“ Gprofiler”重命名为“ grofiler”。 如果这不能解决您的问题,请安装所有带有conda的包装 要开始分析,您需要3个数据文件: “ .bed”格式的注释文件 在“ .txt”文件中带有转录因子的文本文件 脚本-“ tf_an


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transcription-factor-analysis-main
----README.md(1KB)
----tf_analysis.ipynb(59KB)

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