文件名称：pipeline-transcriptome-de:使用长读进行差异基因表达（DGE）和差异转录物使用量（DTU）分析的管道
文件大小：54KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-19 03:59:39
rna-seq nanopore differential-gene-expression cdna differential-transcript-usage
使用长读进行差异基因表达（DGE）和差异转录物使用量（DTU）分析的管道 这个管道使用 、 、 、 、 和在长读数据上自动化简单的和工作流程。 如果您有配对样本（例如，来自同一个体的已处理和未处理样本），请使用分支。 入门 输入 输入文件和参数在config.yml中指定： transcriptome - 输入转录组。 annotation - GFF 格式的输入注释。 control_samples - 包含控制样本名称和 fastq 文件路径的字典。 treated_samples -与处理的样品名称和路径的文件的fastq一本字典。 输出 alignments/*.bam - 未排序的转录组对齐（输入到salmon ）。 alignments_sorted/*.bam - 排序和索引的转录组比对。 counts - salmon产生的计数。 merged/all
【文件预览】：
pipeline-transcriptome-de-master
----.gitignore(6B)
----Snakefile(5KB)
----results()
--------.gitignore(0B)
----env.yml(300B)
----COPYRIGHT(45B)
----coastguard.yml(4KB)
----data()
--------.gitignore(0B)
----LICENSE.md(15KB)
----ONT_logo.png(35KB)
----scripts()
--------.gitignore(0B)
--------merge_count_tsvs.py(2KB)
--------plot_dtu_results.R(2KB)
--------de_analysis.R(5KB)
--------_template_script.py(299B)
----README.md(5KB)
----snakelib()
--------.gitignore(0B)
--------utils.snake(1KB)
----lib()
--------.gitignore(6B)
--------__init__.py(0B)
----config.yml(1KB)