文件名称：rnaflow:使用Nextflow的简单RNA-Seq差异基因表达管道
文件大小：24.55MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-18 20:21:13
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RNAflow-使用Nextflow的有效且简单的RNA-Seq差异基因表达管道 图1.工作流程。 用户可以在预处理后决定运行差异基因表达（DEG）分析或转录组装配。 圆圈表示输入数据，下载图标表示资源的自动下载。 星号标记的步骤目前仅适用于某些物种。 请参阅以获取有关所用工具的参考列表，并请考虑也将其引用。 目录 致电帮助 更新管道 使用特定版本 用法 输入文件 读取文件（必填） 基因组和注释 内置物种 DEG分析的比较 恢复跑步 工作流程控制 前处理 DEG分析 转录组组装 配置文件/配置选项 执行器选项... 引擎选项... 监控方式 输出DESeq2结果 离线工作 帮助信息 引文 快速安装 管道使用Nextflow编写，可以在任何POSIX兼容系统（Linux，OS X等）上使用。 WSL支持Windows系统。 您需要Nextflow安装，要么conda ， Dock
【文件预览】：
rnaflow-master
----.gitignore(2KB)
----nextflow.config(5KB)
----bin()
--------improve_deseq_table.rb(974B)
--------deseq2.R(34KB)
--------refactor_reportingtools_table.rb(11KB)
----assets()
--------regionReport_DESeq2Exploration_custom.Rmd(15KB)
--------multiqc_config.yaml(1KB)
----test-data()
--------hsa()
--------execution_report.html(2.87MB)
--------input.se.hsa_small.csv(249B)
----LICENSE(34KB)
----.github()
--------workflows()
----main.nf(36KB)
----README.md(27KB)
----configs()
--------nodes.config(689B)
--------container.config(1KB)
--------conda.config(1KB)
--------local.config(584B)
----figures()
--------tower.png(69KB)
--------workflow.jpg(911KB)
--------logo.png(162KB)
--------chart.png(360KB)
----modules()
--------tpm_filter.nf(3KB)
--------stringtie.nf(4KB)
--------referenceGet.nf(2KB)
--------deseq2.nf(2KB)
--------multiqc.nf(2KB)
--------busco.nf(2KB)
--------sortmernaGet.nf(2KB)
--------featurecounts.nf(1KB)
--------dammitGetDB.nf(2KB)
--------prepare_annotation.nf(4KB)
--------hisat2.nf(2KB)
--------annotationGet.nf(2KB)
--------trinity.nf(3KB)
--------fastqc.nf(389B)
--------sortmerna.nf(3KB)
--------fastp.nf(1KB)
--------buscoGetDB.nf(536B)
--------utils.nf(136B)
--------dammit.nf(1KB)
--------get_test_data.nf(2KB)
----envs()
--------subread.yaml(68B)
--------multiqc.yaml(82B)
--------trinity.yaml(70B)
--------python3.yaml(103B)
--------deseq2.yaml(601B)
--------stringtie.yaml(92B)
--------dammit.yaml(93B)
--------busco.yaml(81B)
--------basic_tools.yaml(74B)
--------fastqc.yaml(84B)
--------fastp.yaml(65B)
--------sortmerna.yaml(102B)
--------hisat2.yaml(83B)
----citations.md(8KB)