文件名称：斑P
文件大小：72.75MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-09 11:08:06
mass-spectrometry roi msi maldi-msi alzheimer-disease
PlaquePicker：基于单对象的MSI数据分析 MSI数据集的定量分析通常在单个像素或手动分配的兴趣区域（ROI）上执行。 但是，许多稀疏的小物体（如称为斑块的淀粉样肽的阿尔茨海默氏病（AD）脑沉积物）既不是单个像素也不是ROI。 在这里，我们提出了一种新的方法，以方便通过MSI对淀粉样斑块状对象进行比较计算评估：PLAQUE PICKER是一种快速工具，可以对异类淀粉样肽组成和其他分子上稀疏分布的特征进行统计评估。 有关此软件包及其在阿尔茨海默氏病小鼠模型的大脑中的应用的更多信息，请查看我们的出版物（ ）。 该程序包附带一个经过精简和精简的imzML数据集作为示例。 如果您希望使用与本文中相同的数据：每个使用的小鼠模型的质谱成像数据集都已通过PRIDE合作伙伴存储库以数据集标识符PXD020824存放到ProteomeXchange联盟。
【文件预览】：
PlaquePicker-master
----man()
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--------plaquePicker.Rd(2KB)
--------NLGF67w_mouse1_rep1_coord.Rd(474B)
--------NLGF67w_mouse1_rep1.Rd(444B)
--------point2LineDist.Rd(630B)
--------qcor.Rd(505B)
--------plot_venn.Rd(1KB)
--------tpoint.Rd(703B)
--------get_mzValues.Rd(363B)
--------get_IdxFromID.Rd(718B)
--------geometricThreshold.Rd(986B)
----data()
--------NLGF67w_mouse1_rep1.rda(2.67MB)
--------.gitignore(29B)
--------NLGF67w_mouse1_rep1_coord.rda(6KB)
----data-raw()
--------NLGF67w_mouse1_rep1.zip(70.28MB)
--------NLGF67w_mouse1_rep1.R(2KB)
----NAMESPACE(621B)
----.Rhistory(19KB)
----LICENSE(44B)
----Meta()
--------vignette.rds(214B)
----vignettes()
--------PLAQUE PICKER Example.R(8KB)
--------PLAQUEPICKER_Example.Rmd(17KB)
----.Rbuildignore(75B)
----doc()
--------PLAQUEPICKER_Example.Rmd(17KB)
--------PLAQUEPICKER_Example.R(9KB)
--------PLAQUEPICKER_Example.html(4.7MB)
----LICENSE.md(1KB)
----.gitignore(95B)
----R()
--------tpoint.R(4KB)
--------plaquePicker.R(9KB)
--------data.R(418B)
--------get_IdxFromID.R(1019B)
--------qcor.R(549B)
--------get_mzValues.R(225B)
--------plot_venn.R(3KB)
--------geometricThreshold.R(3KB)
----PlaquePicker.Rproj(405B)
----DESCRIPTION(815B)
----README.md(1KB)