【文件属性】：
文件名称：transcriptome-and-genome-assembly:此存储库中的脚本已用于组装从头转录组和基因组
文件大小：996KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-06-06 09:50:57
Perl
转录组和基因组组装
此存储库中的脚本已用于组装从头转录组和基因组
KSU_bioinfo_lab 文件夹
引用为：詹妮弗·谢尔顿。 (2015)。 转录组和基因组组装：转录组和基因组组装 1.0.0 版。 泽诺多。 10.5281/zenodo.17588
###AssembleG.pl
AssembleG.pl - 该脚本编写脚本和 qsubs 以将 illumina 配对的末端读取组装到一个 de novo 基因组中。 脚本 1) 如果使用“-c”参数，则转换 illumina 标头，2) 使用 Prinseq 清理和去重原始读取，3) 读取是多次组装的k 的值范围，4) 最后为所有组件生成组件度量，并在清洁前后汇总读取长度和数量。
有关示例和参数详细信息，请运行“perl AssembleG.pl -man”或访问对于其他 NGS Beocat 管道，请访问 。
###As
【文件预览】：
transcriptome-and-genome-assembly-master
----images()
--------i5K-KINBRE-script-share.png(176KB)
--------i5K-KINBRE-script-share-search-by-omics-topic.png(203KB)
--------i5K-KINBRE-script-share-search-by-lab2.png(185KB)
--------ngs_pipelines_on_beocat.png(258KB)
--------i5K-INBRE.png(188KB)
----LICENSE.md(1KB)
----mira_assembly()
--------mira_d_info()
----.DS_Store(15KB)
----README.md(5KB)
----About-i5K-KINBRE-script-share.md(998B)
----KSU_bioinfo_lab()
--------run_mira_454.sh(249B)
--------run_Trinity.sh(480B)
--------.DS_Store(6KB)
--------AssembleG()
--------AssembleT_250+()
--------run_oases_merge.sh(376B)
--------run_velvet_oases_k-mer_assemblies.sh(2KB)
--------run_abyss.pl(4KB)
--------stats.sh(2KB)
--------AssembleT()
--------generalizable_script_writer.sh(3KB)