文件名称：EnsembleAssembler:EnsembleAssembler 从使用 Illumina 平台测序的宏基因组样本中执行病原体基因组的从头组装
文件大小：10.02MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-30 02:32:36
Python
集成组装器 EnsembleAssembler-1.0.0 快速入门指南 Blood Systems Research Institute & UCSF EnsembleAssembler 从使用 Illumina 平台测序的宏基因组样本中执行病原体基因组的从头组装。 EnsembleAssembler 通过整合来自多个组装器（包括 SOAPDenovo2、ABySS、MetaVelvet 和 Cap3）的结果来优化重叠群的形成。 该软件不执行预处理。 用户在尝试组装之前需要使用其他软件进行预处理。 INSTALLATION 仅支持 Linux。 需要 Python 2.6、2.7 或 2.8。 要安装，首先从下载最新的发行版。 然后执行 tar zxvf ensembleAssembly_version.tar.gz 生成的文件夹称为 /assembler_dir/。 目录 /as
【文件预览】：
EnsembleAssembler-master
----bin()
--------SOAPdenovo-63mer(1.49MB)
--------velveth(93KB)
--------cap3(102KB)
--------abyss-pe(11KB)
--------meta-velvetg(367KB)
--------velvetg(288KB)
----example_project()
--------config.txt(363B)
----dedup(4KB)
----ensembleAssembly(10KB)
----fqLenFilter.py(473B)
----README.md(4KB)
----example_data()
--------test1.fastq(14.69MB)
--------test2.fastq(11.38MB)
----partition.py(620B)
----faLenFilter.py(909B)