【文件属性】：
文件名称：qapa:替代多腺苷酸化的RNA序列定量
文件大小：2.77MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-26 22:06:55
Python
替代聚腺苷酸化（QAPA）的RNA序列定量
从RNA序列数据（人和小鼠）分析替代聚腺苷酸化（APA）。 QAPA包含两个主要组件：
从基因模型中提取和注释3'UTR序列
基于转录水平丰度计算替代性3'UTR同工型的相对使用量。
请注意，QAPA本身不执行转录本量化。 它依赖于和等其他工具。
安装
QAPA由Python（3.5+）和R脚本组成。
安装以下必备软件：
。 注意：不要使用2.26.0稳定版本，因为groupBy工具存在。
克隆QAPA的最新开发版本并更改目录：
git clone https://github.com/morrislab/qapa.git
cd qapa
或者，下载最新并解压缩tarball：
tar -xzvf qapa-1.2.0.tar.gz
cd qapa-1.2.0
安装R软件包optparse，dplyr，data.table和
【文件预览】：
qapa-master
----MANIFEST.in(53B)
----scripts()
--------install_packages.R(821B)
--------make_biomart_db(1KB)
--------compute_pau.R(7KB)
--------find_sites.py(4KB)
--------create_merged_data.R(9KB)
----examples()
--------mm10()
--------hg19()
----LICENSE(34KB)
----setup.py(2KB)
----README.md(10KB)
----qapa()
--------qapa.py(14KB)
--------annotate.py(9KB)
--------__init__.py(0B)
--------collapse.py(5KB)
--------extend.py(5KB)
--------version.py(22B)
--------extract.py(7KB)
--------fasta.py(1KB)
----tests()
--------run_R_tests.R(675B)
--------R()
--------run_py_tests.sh(79B)
--------python()