【文件属性】：
文件名称：atlas_gatk4:在Atlas HPC上测试gatk4模块
文件大小：16KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-07 07:48:37
gatk4 HTML
Atlas HPC上的GATK4模块
在Atlas HPC上测试gatk4模块
示例数据集
重用GATK nextflow管道中的数据集（ ）
wget https://iastate.box.com/shared/static/wt85l6s4nw4kycm2bo0gpgjq752osatu.gz
tar -xf wt85l6s4nw4kycm2bo0gpgjq752osatu.gz
ls -1 test-data/
#> fastq # <= folder of paired reads
#> read-group.txt
#> ref # <= folder containing one genome reference
加载并链接GATK模块
（1）加载盖特克模块
salloc -A isu_gif_vrsc
module load si
【文件预览】：
atlas_gatk4-main
----04_GATK.nf(11KB)
----nextflow.config(87B)
----timeline_report.html(47KB)
----README.md(8KB)
----submit.slurm(2KB)