文件名称：matlabami代码-RA3_source:“单细胞表观遗传学表征的参考指导方法”中结果再现的源代码
文件大小：104KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-27 14:59:29
系统开源
matlab ami代码RA3的源代码 “单细胞表观遗传特征的参考指导方法”中的结果复制源代码。 我们还提供了一个为社区提供便利。 要求 用于 RA3 模型的 Matlab R2019a 用于细胞聚类的 Python 3.6.10 R 3.6.1 用于数据可视化和下游分析 使用说明 代码 功能 RA3_func.m RA3模型的主要功能 RA3_script.m RA3的数据预处理和模型初始化 run_RA3_script.m RA3 运行脚本 plot_case_fig1.R 图1bcef plot_residual.R 图1d plot_case.R 图 2abc、补充图 1bcde 和补充图 2abdef plot_case_pbmc.R 图 2d 和补充图 2cg plot_fig3_scatter.R 图 3 run_clustering_RA3.py RA3的聚类 plot_fig3-2_AMI_bar.R 图 4a 和补充图 6a plot_fig4_AMI_line.R 图 4b 和补充图 6b plot_bar_ragi.R 图 4c trajectory.R 轨迹推
【文件预览】：
RA3_source-master
----plot_umap.R(12KB)
----plot_scatter_tau1.R(12KB)
----plot_scatter_K3_LObulk.R(12KB)
----plot_case_fig1.R(8KB)
----plot_scatter_theta.R(12KB)
----cluster_specific_peak.R(8KB)
----RA3_script.m(12KB)
----plot_residual.R(5KB)
----plot_case_pbmc.R(5KB)
----plot_scatter_prop.R(12KB)
----plot_dropout_cell_sum.R(1KB)
----call_peak_iter()
--------sc_atac_window_counter.py(2KB)
--------pipeline_with_note.ipynb(24KB)
----plot_bar_prop.R(2KB)
----plot_scatter_theta_LObulk.R(12KB)
----plot_case_pbmc_all_other.R(4KB)
----plot_scatter_tau0_LObulk.R(12KB)
----run_RA3_script.m(251B)
----plot_scatter_tau0.R(12KB)
----plot_case.R(10KB)
----plot_clusterTable.py(4KB)
----plot_fig3_scatter.R(12KB)
----LICENSE(34KB)
----plot_tfidf_scatter.R(8KB)
----run_clustering_RA3.py(5KB)
----plot_scatter_K2.R(11KB)
----plot_corr3.m(2KB)
----plot_scatter_refPC.R(12KB)
----plot_LOpeak.R(12KB)
----plot_scatter_tau1_LObulk.R(12KB)
----plot_supp_diff_dim.R(11KB)
----plot_fig3-2_AMI_bar.R(4KB)
----chromVAR_motif.R(5KB)
----plot_fig4_AMI_line.R(4KB)
----plot_bar_ragi.R(2KB)
----trajectory.R(4KB)
----plot_scatter_K2_LObulk.R(12KB)
----README.md(2KB)
----plot_GmHekInSiMCA.R(12KB)
----RA3_func.m(4KB)
----plot_time_bar.R(2KB)
----plot_scatter_K3.R(11KB)
----plot_tfidf_bar.R(2KB)