文件名称：matlab代码影响-integrative_networks:Chasman等人的代码，PLOSCompBiol2016
文件大小：15.84MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-11 02:21:29
系统开源
matlab代码影响自述文件 宿主对病原体转录/蛋白质组React的综合分析代码。 包含两个代码模块： A. MTG-LASSO推断基因表达模块的蛋白质调节剂 B.物理子网推论，以连接模块的预测调节器 A. MTG-LASSO推断基因表达模块的蛋白质调节剂 要求 使用MATLAB 2014b，Python 2.7，bash编写。 步骤1：运行MTG-LASSO / LASSO，以了解监管机构对目标的回归权重。 一旦指定以下内容，bash脚本infer_protein_regs.sh允许用户使用MTG-LASSO或LASSO运行蛋白调节剂推论： 蛋白质数据文件的位置（文本，制表符分隔的矩阵） 基因表达模块文件的位置（每个模块一个文件） 输出目录 步骤2：提取高可信度的蛋白质调节剂。 我们基于折叠频率以及设置回归权重阈值提取高可信度蛋白质调节剂，并测试蛋白质在蛋白质数据排列下不会随机分配该重量。 该步骤的主要脚本： get_highconf_regs.sh B.物理子网推论，以连接模块的预测调节器 要求 Java，Python 2.7，GAMS，CPLEX，bash。 步骤1.生成候选路径