文件名称：matlab终止以下代码-MS2PBPI:数据挖掘方法预测肽片段离子质谱
文件大小：291KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-10 04:13:52
系统开源
matlab终止以下代码＃MS2PBPI＃ MS2PBPI预测由碰撞诱导解离（CID）生成的肽串联质谱，以促进shot弹枪蛋白质组学中的肽鉴定。 它是由MATLAB编写的。 该预测算法基于随机梯度增强树（SGBTree）（），并通过大量串联质谱进行训练，从而可以提供准确的质谱预测。 当前， MS2PBPI仅由MATLAB实现。 为了在需要时提供通过其他编程语言重新实现的更简便方法，还生成了每个SGBTree模型的文本版本以及二进制树，并在同一压缩文件*享它们。 ＃用法＃ 只需在MATLAB命令行中键入ms2pbpi ，然后将出现一个对话框，以选择存储用于预测的肽序列的文件。 为避免出现Undefined function or variable 'ms2pbpi'错误，请将所有.m文件和文件夹models放在工作目录下，或通过path命令或“ Set Path对话框Set Path MS2PBPI的路径设置为MATLAB的搜索路径。 预测完成后，将生成Mascot generic format (.mgf) ，以存储所有预测的串联质谱。 注意MS2PBPI首先为每个肽序列输入生成片段
【文件预览】：
MS2PBPI-master
----regionassign.m(1KB)
----residumasscal.m(4KB)
----AAdescriptor.mat(34KB)
----ms2predict.m(2KB)
----ions.m(25KB)
----phosphoions.m(28KB)
----mgfpredwriter.m(1KB)
----examples()
--------ms2pbpi_MS.mgf(569KB)
--------ecoli.txt(12KB)
----.gitignore(649B)
----peptidesparse.m(19KB)
----ms2sparse.m(10KB)
----README.md(6KB)
----sgbtreepredict.m(2KB)
----ms2pbpi.m(945B)
----.gitattributes(378B)