文件名称：PCRPpipeline：用于处理PCRP数据集的生物信息学管道
文件大小：21.23MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-09 05:33:55
Perl
PCRP管道 用于处理PCRP数据集的生物信息管道 管道要求 python 2.7.14 python-matplotlib Java 8或更高版本 perl v5.10.1或更高版本 bedtools v2.27.1或更高版本 samtools 1.7 MEME v5 + ChExMix v0.45在这里可用： : 编译的JAR应该移到此处：/ QC-pipeline / external_app / 运行管道的命令： sh 11_RUN_MEP_QC_XO.sh -s sampleID.txt -a /path/to/QC-pipeline sampleID.txt文件格式 4列制表符分隔的文件，包含为每个样本运行管道所需的信息 样品编号 SAMPLE.bam的完整路径 CONTROL.bam的完整路径 参考功能的完整路径 参考功能文件夹结构 参考/基因组 参考/Gen
【文件预览】：
PCRPpipeline-master
----README.md(2KB)
----sampleID.txt(122B)
----QC-pipeline()
--------report()
--------format-convert()
--------FRIP-scripts()
--------motif-enrichment()
--------state-enrichment()
--------qc-modules()
--------external_app()
--------tag-pileup()
--------gene-analysis()
----11_RUN_MEP_QC_XO.sh(4KB)