AlignGraph2:类似基因组辅助的重组流程,适用于PacBio的长读

时间:2024-04-01 10:53:10
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文件名称:AlignGraph2:类似基因组辅助的重组流程,适用于PacBio的长读

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更新时间:2024-04-01 10:53:10

C++

介绍 AlignGraph2是用于PacBio长读取的的第二个版本。 它利用与测序基因组相似的已公开基因组,扩展和完善了从长时间阅读中组装而成的重叠群。 要求 Linux OS 64位 GCC> = 4.8.5 CMake的> = 3.1.0 使用Biopython的Python> = 3.6 安装 git clone --recursive https://github.com/Godotcoffee/AlignGraph2.git cd AlignGraph2 && python ./install.py 用法 快速开始 python ./AlignGraph2.py -r /path/to/read -c /path/to/contig -g /path/to/genome -o /path/to/output 强制的 -r, --read [fastq] read -r, --


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