文件名称：adVNTR:从序列数据中对可变数目串联重复序列（VNTR）进行基因分型的工具
文件大小：288KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-20 19:53:31
bioinformatics genomics next-generation-sequencing genotype structural-variation
adVNTR-用于对VNTR进行基因分型的工具 是用于从序列数据中对可变数目串联重复序列（VNTR）进行基因分型的工具。 它可用于NGS短读（Illumina HiSeq）和SMRT读（PacBio），并查找VNTR的二倍体重复计数，并识别VNTR序列中可能的突变。 安装 如果您使用的是conda包装管理器（例如或anaconda），则可以从安装adVNTR： conda config --add channels bioconda conda install -c conda-forge -c bioconda advntr 可以使用advntr从命令行调用advntr 或者，您可以安装依赖项并 。 资料需求 为了对VNTR进行基因分型，您需要针对感兴趣的基因座训练模型或使用预先训练的模型（推荐）： 要在经过训练的VNTR模型上运行adVNTR，请执行以下操作： 下载并将其压缩到
【文件预览】：
adVNTR-master
----build_advntr_filtering.sh(47B)
----requirements.txt(107B)
----.travis.yml(887B)
----advntr()
--------settings.py(943B)
--------sam_utils.py(6KB)
--------reference_vntr.py(4KB)
--------profiler.py(339B)
--------hierarchical_clustering.py(1KB)
--------genome_analyzer.py(11KB)
--------vntr_annotation.py(11KB)
--------utils.py(2KB)
--------vntr_graph.py(2KB)
--------__init__.py(22B)
--------pattern_clustering.py(3KB)
--------pairwise_aln_generator.py(24KB)
--------models.py(14KB)
--------__main__.py(10KB)
--------advntr_commands.py(8KB)
--------profile_hmm.py(8KB)
--------coverage_bias.py(6KB)
--------vntr_finder.py(43KB)
--------reference_editor.py(8KB)
--------deep_recruitment.py(20KB)
--------distance.py(597B)
--------acgt_filter.py(2KB)
--------hmm_utils.py(27KB)
--------plot.py(52KB)
--------pacbio_haplotyper.py(5KB)
----LICENSE(2KB)
----setup.py(1KB)
----README.md(5KB)
----Makefile(829B)
----docs()
--------index.html(9KB)
--------description.rst(317B)
--------make.bat(7KB)
--------faq.rst(1KB)
--------conf.py(9KB)
--------installation.rst(4KB)
--------publication.rst(235B)
--------quickstart.rst(3KB)
--------index.rst(438B)
--------Makefile(7KB)
--------_build()
--------tutorial.rst(7KB)
----tests()
--------test_genotyping.py(2KB)
--------test_hmm_utils.py(1KB)
--------__init__.py(0B)
--------test_frameshift_identification.py(3KB)
--------data()
----.gitignore(338B)
----pomegranate()
--------utils.pyx(6KB)
--------utils.pxd(292B)
--------__init__.py(1KB)
--------hmm.pyx(127KB)
--------distributions.pxd(3KB)
--------base.pxd(878B)
--------distributions.pyx(86KB)
--------base.pyx(12KB)
----requirements-linux.txt(182B)
----filtering()
--------main.cc(10KB)
--------README.md(2KB)