文件名称：ngs-slider:我的自制管道，用于获取下一代测序数据并找到合适的变体！
文件大小：19KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-10 11:20:52
Shell
ngs-滑块 我的自制管道，用于获取下一代测序数据并找到合适的变体！ 旨在遵循 GATK 网站的最佳实践页面 - 当给定生物信息学中的 fastq 文件时，目标是运行合理数量的工具并最终生成 vcf 文件。 该程序允许您从这些步骤中的任何一个开始（前提是您符合命名约定）并滑过管道的其余部分。 该工具是两个脚本和一系列生物信息学工具的组合。 ngs-slide.sh - 用于运行幻灯片，尝试运行它以进行解释 ngs-config.sh - 适用于您的环境的配置文件，包括硬件和软件参数 祝你好运，随着时间的推移，我会在这里发布更多。 从命令行运行它 这个想法是选择你的起始工具/步骤，它会从那里滑动。 如果您刚开始，它假设您有来自单个样本的两个 gzip 压缩的 fastq 文件，这些文件已经被正确解复用（例如 sampleA-r1.fq.gz 和 sampleA-r2.fq.gz）。 为此
【文件预览】：
ngs-slider-master
----ngs-rna-slide.sh(10KB)
----ngs-slide.sh(11KB)
----LICENSE.md(1KB)
----ngs-config.sh(2KB)
----README.md(3KB)
----ngs-dna-slide.sh(10KB)
----ngs-mutect.sh(28KB)