文件名称：illumina-utils:一个库和脚本集合，用于处理Illumina的配对末端数据（适用于CASAVA 1.7+管道）
文件大小：2.31MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-25 04:20:14
Python
这是一个小型库和一堆客户端，可对FASTQ文件执行各种操作（例如，对Illumina原始文件进行多路分解，合并部分或全部重叠部分和/或执行质量过滤）。 它可与配对端FASTQ文件一起使用，并已通过用CASAVA 1.8.0或更高版本处理的Illumina运行进行了测试。 该程序由 （uchicago dot edu的Samuelmiller）和 （uchicago dot edu的 ）维护。 请随时向我们发送电子邮件，或者最好访问anvi'o Slack提出您的问题。 引文 如果您正在使用此代码库（并且对此感到满意），请随意引用 （首次引入该代码库）。 内容 [前缀]部分 合并部分重叠的Illumina对STATS输出示例 合并完全重叠的Illumina对 精确重叠实现快速多线程合并 质量过滤 Minoche等。 STATS输出示例 示例PNG文件 Bokulich等。 STATS输
【文件预览】：
illumina-utils-master
----MANIFEST.in(85B)
----COPYING(18KB)
----scripts()
--------iu-gen-matching-fastq-files(6KB)
--------iu-deinterleave-fastq(2KB)
--------iu-gen-configs(5KB)
--------iu-merge-pairs(47KB)
--------iu-filter-quality-bokulich(14KB)
--------iu-visualize-mismatch-distribution(3KB)
--------iu-fasta-to-fastq(3KB)
--------iu-trim-fastq(2KB)
--------iu-visualize-qual-dicts(2KB)
--------iu-trim-V6-primers(7KB)
--------iu-interleave-fastq(2KB)
--------iu-fastq-to-fasta(3KB)
--------iu-subsample-fastq(6KB)
--------iu-remove-ids-from-fastq(5KB)
--------iu-filter-quality-minoche(14KB)
--------iu-demultiplex(11KB)
--------iu-filter-merged-reads(2KB)
--------iu-visualize-plot-dicts(2KB)
--------iu-compute-qual-dicts-from-fastq(2KB)
----requirements.txt(36B)
----examples()
--------v6-complete-overlap()
--------info.sh(108B)
--------v6-complete-overlap.sh(629B)
--------demultiplexing()
--------demultiplexing.sh(434B)
--------interleave_deinterleave.sh(452B)
--------merging()
----setup.py(2KB)
----README.md(23KB)
----.gitignore(150B)
----IlluminaUtils()
--------utils()
--------lib()
--------__init__.py(831B)
--------rapidmerge.py(48KB)