文件名称：pyfaidx:高效的pythonic随机访问fasta子序列
文件大小：102KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-28 01:52:01
python bioinformatics genomics indexing dna
描述 Samtools提供了一个函数“ faidx”（FAsta InDeX），该函数创建一个小的平面索引文件“ .fai”，从而允许快速随机访问索引的FASTA文件中的任何子序列，同时将文件中的最小量加载到内存中。 此python模块使用samtools兼容索引实现纯Python类，以对FASTA文件进行索引，检索和就地修改。 pyfaidx模块与 seqdb模块兼容。 命令行脚本“ ”与pyfaidx模块一起安装，无需任何编程知识即可简化FASTA文件的复杂操作。 如果您在出版物中使用pyfaidx，请引用： ， ， ， 。 PeerJ PrePrints 3：e1196。 2015年。 安装 该软件包已在Linux，MacOS和Windows上使用Python 3.2-3.4、2.7、2.6和pypy进行了测试，可从PyPI获得： pip install pyfaidx #
【文件预览】：
pyfaidx-master
----MANIFEST.in(26B)
----.travis.yml(2KB)
----README.rst(23KB)
----.coveragerc(290B)
----tests()
--------test_feature_indexing.py(15KB)
--------test_feature_default_seq.py(686B)
--------test_feature_read_ahead_buffer.py(2KB)
--------test_faidx.py(2KB)
--------data()
--------test_feature_split_char.py(2KB)
--------test_Fasta_integer_index.py(772B)
--------test_Fasta_bgzip.py(11KB)
--------test_feature_sequence_as_raw.py(2KB)
--------test_Fasta_synchronization.py(8KB)
--------test_FastaRecord_iter.py(1KB)
--------test_feature_key_function.py(3KB)
--------test_bio_seqio.py(2KB)
--------test_FastaVariant.py(2KB)
--------test_sequence_class.py(1KB)
--------test_feature_spliced_seq.py(2KB)
--------test_FastaRecord.py(6KB)
--------test_feature_bounds_check.py(7KB)
----pyfaidx()
--------cli.py(16KB)
--------__init__.py(47KB)
----LICENSE(2KB)
----dev-requirements.txt(65B)
----setup.cfg(39B)
----setup.py(2KB)
----.gitignore(115B)
----.codecov.yml(52B)
----CODE_OF_CONDUCT.md(3KB)
----scripts()
--------benchmark.py(9KB)