文件名称：fasta_window_stats:Fasta文件上的序列模式
文件大小：38.63MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-14 11:36:00
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序列统计 主要的 我们可能想对fasta文件进行计算的一些基本统计数据开始。 到目前为止，已实现了GC％，GC偏斜和滑动（以及可选地重叠）窗口中的唯一kmer计数。 如果人们可以看一下代码并找到使它更快的方法，那可能会很酷。 希望很快会有更多功能，也许每个窗口中都有一些实际统计信息。 已从其他来源中挖出了一些位，这些已在源文件中指出。 还生成一个常规统计文件，其中包含处理的重叠群（染色体）数，总序列长度，整体GC％和L / N10-50。 例如 Arguments used: -f Athaliana_genome/Athaliana_1_5_m_c.fasta Total number of contigs processed: 7 Total sequence length processed: 119668634 Global GC%: 0.3605598671007913 L1
【文件预览】：
fasta_window_stats-main
----fastaStats.py(4KB)
----example.html(1KB)
----example.js(9KB)
----.env(110B)
----__init__.py(0B)
----Athaliana_genome()
--------Athaliana_genome_stats.csv(12.59MB)
--------Athaliana_1_5_m_c.fasta.gz(34.52MB)
----fastaStats_output()
--------GeneralStats.txt(276B)
--------FastaStats.csv(11.9MB)
----README.md(2KB)
----utils()
--------dictionaries.py(505B)
--------GC.py(1KB)
--------__init__.py(0B)
--------fasta.py(531B)
--------windows.py(875B)
--------kmers.py(1KB)