文件名称：matlab集成c代码-SCaIP:钙成像分析工具
文件大小：14.72MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-10 20:15:42
系统开源
Matlab集成的c代码请参考以下Wiki或阅读下面的“测试”部分 受约束的NMF 约束非负矩阵分解算法的Python转换，用于从钙成像数据中提取来源。 钙成像数据的去卷积和去混合 该代码实现了一种方法，用于同时从大型钙成像电影中进行信号源提取和峰值推断。 该代码适用于体细胞成像数据的分析。 将来将增加用于分析树突状/轴突成像数据的工具。 该算法在以下内容中有更详细的介绍 Pnevmatikakis，EA，Soudry，D.，Gao，Y.，Machado，T.，Merel，J.，...＆Paninski，L.（2016年）。 同时对钙成像数据进行去噪，去卷积和去混合。 神经元89（2）：285-299， Pnevmatikakis，EA，Gao，Y.，Soudry，D.，Pfau，D.，Lacefield，C.，...＆Paninski，L.（2014年）。 用于大规模钙成像数据分析的结构化矩阵分解框架。 arXiv预印本arXiv：1409.2903。 贡献者 纽约州西蒙斯基金会计算生物学中心Eftychios Pnevmatikakis的Andrea Giovannucci 瓦伦蒂
【文件预览】：
SCaIP-master
----setup.py(2KB)
----.gitignore(60B)
----requirements_conda.txt(104B)
----Dockerfile(1KB)
----SLURM()
--------slurmStartNoIP.sh(1KB)
--------DemoMotionCorrectionParallel.py(5KB)
--------demo_slurm.py(4KB)
--------demoPipeline.ipynb(17KB)
--------slurmStart.sh(1KB)
--------demo_pipeline.py(5KB)
----check_up.py(7KB)
----demo_cnmf.py(9KB)
----demos_detailed()
--------demo_pipeline.py(12KB)
----.travis.yml(404B)
----MANIFEST.in(295B)
----movies()
--------demoMovie.tif(18.56MB)
----requirements_pip.txt(36B)
----LICENSE.txt(18KB)
----.gitmodules(88B)
----demo_patches.py(10KB)
----demoCNMF-3D.ipynb(14KB)
----README.md(10KB)
----sandbox()
--------scripts_labeling()
----CalBlitz()
----demo.py(7KB)
----build.sh(126B)
----meta.yaml(703B)
----docs()
--------Makefile(7KB)
--------source()
----ca_source_extraction()
--------deconvolution.py(17KB)
--------merging.py(9KB)
--------map_reduce.py(13KB)
--------utilities.py(97KB)
--------__init__.py(875B)
--------cnmf.py(10KB)
--------temporal.py(10KB)
--------spatial.py(30KB)
--------tests()
--------initialization.py(17KB)
--------pre_processing.py(15KB)
----demoCNMF.ipynb(13KB)