文件名称：matlab代码左移-CalBlitz:炽热的快速钙成像分析工具箱
文件大小：39.54MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 22:14:16
系统开源
matlab代码左移CalBlitz（过时，请参阅开曼群岛） 炽热的快速钙成像分析工具箱 卡尔布利兹（Calblitz）现在已过时。 请参考新包装 概要 钙成像采集技术的最新进展正在创建大约TB /周的数据集。 需要使用内存和计算效率高的算法来分析合理数量的时间TB的数据。 该项目实施了钙成像电影分析流程中所需的一组基本方法。 实现了快速且可扩展的算法，用于运动校正，电影处理和roi分割。 假定电影是使用scanimage数据采集软件收集的，并以.tif格式存储。 在下面找到钙成像管线的示意图： 范例程式码 #%% initialization import calblitz as cb import time import pylab as pl import numpy as np initTime = time.time() filename = 'movies/demoMovie_PC.tif' filename_hdf5 = filename[:-4]+'.hdf5' #%% load and motion correct movie (see other Demo for
【文件预览】：
CalBlitz-master
----.gitignore(721B)
----images()
--------CaImagingPipeline.png(208KB)
----DemoSegmentationLowSNR.py(2KB)
----Demo.ipynb(15.87MB)
----DemoMotionCorrectionParallel.py(6KB)
----movies()
--------demoMovie_CTX.tif(18.56MB)
--------demoMovie_PC.tif(22.92MB)
----LICENSE(34KB)
----DemoNMFNCA.py(1KB)
----demo_test_autocomp.py(21KB)
----calblitz()
--------__init__.py(303B)
--------traces.py(4KB)
--------motion_correction.py(9KB)
--------motion_correction_test.py(2KB)
--------behavior.py(9KB)
--------utils.py(13KB)
--------movies.py(46KB)
--------granule_cells()
--------timeseries.py(7KB)
--------rois.py(2KB)
--------segmentation_test.py(10KB)
----examples()
--------sbxread.py(2KB)
--------DemoMotionCorrection_martial.py(3KB)
--------demo_cnmf_roland.py(10KB)
--------DemoMotionCorrection_Dudi.py(2KB)
--------DemoMotionCorrection_monkey.py(6KB)
--------optical_flow_behavior.py(6KB)
--------Demo1PPurkinje.py(6KB)
--------DemoSegmentation2P_PCells.py(4KB)
--------demo_cnmf_stefan.py(10KB)
--------demo_cnmf_monkey.py(10KB)
----DemoPreprocessLabeling.py(6KB)
----README.md(9KB)
----sandbox()
--------ExamplePipeline_Behavior.py(9KB)
--------DemoSegmentationJG.py(6KB)
--------PipelineBehavior.py(7KB)
--------ExamplePipeline.py(11KB)
--------InterfaceCompareMax.py(11KB)
--------ExampleMotionCorrection.py(12KB)
--------ExampleSegmentation.py(7KB)
--------motionCorrectionCluster.py(2KB)
----DemoMotionCorrection.py(5KB)
----test_software.py(1KB)
----DemoSegmentation.py(6KB)