文件名称：covid19：SARS-CoV-2分析管道，用于短读，配对末端照明测序
文件大小：2.83MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-02-29 22:33:17
consensus variant-calling whole-genome-sequencing covid19 sars-cov-2
SARS-CoV-2数据分析
SARS-CoV-2分析流程，用于短读，配对末端测序。
安装
是使用bioconda安装所有依赖项的代码的一部分。
make all
准备参考数据库和索引
有一个脚本可以下载和索引SARS-CoV-2和GRCh38参考序列。
cd ref/ && ./prepareREF.sh
还有另一个脚本可用来准备kraken2人类数据库以过滤主机读取。
cd kraken2/ && ./prepareDB.sh
运行数据分析管道
有一个运行脚本可以执行适配器修整，主机读取删除，对齐，变体调用和注释，共识调用以及某些质量控制。 最后一个参数称为unique_sample_id ，用于在当前工作目录中创建唯一的输出目录。
./src/run.sh
【文件预览】：
covid19-main
----kraken2()
--------prepareDB.sh(523B)
--------README.md(56B)
--------.gitignore(16B)
----src()
--------qc.py(8KB)
--------call.py(5KB)
--------phylogeny.sh(577B)
--------lineage.sh(2KB)
--------readfq.py(2KB)
--------call.sh(1KB)
--------run.sh(2KB)
--------align.sh(1KB)
--------trim.sh(486B)
--------aggregate.sh(715B)
--------clean.sh(2KB)
--------consensus.sh(1KB)
--------bam2fastq.sh(631B)
--------qc.sh(895B)
--------contamination.sh(623B)
----example()
--------README.md(121B)
--------expl.sh(422B)
--------.gitignore(55B)
----LICENSE(1KB)
----README.md(2KB)
----Makefile(1KB)
----ref()
--------prepareREF.sh(574B)
--------NC_045512.2.fa(30KB)
--------nCoV-2019.primer.bed(10KB)
--------README.md(62B)
--------GCF_009858895.2_ASM985889v3_genomic.gff(14KB)
--------NC_045512.2.anno.bcf.csi(116B)
--------.gitignore(62B)
--------NC_045512.2.anno.bcf(2.9MB)
----.gitignore(103B)