【文件属性】：
文件名称：spearman的matlab代码-sscClust:更简单的单细胞RNAseq数据聚类
文件大小：4.32MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-06-13 00:52:15
系统开源
spearman的matlab代码
集群
更简单的单细胞
RNAseq
数据聚类
(sscClust)，是一个实现多种功能的软件包，这些功能是单细胞
RNAseq
数据分析的基本程序，包括可变基因识别、降维、简化数据的聚类。
还提出了一些新的想法，例如使用
spearman
相关性将数据投影到特征空间，使可视化和聚类更有效，使用子采样和分类进行聚类，使处理数千个细胞的数据成为可能。
安装
当数据集变大时计算会变得很昂贵，所以我们强烈建议使用链接到优化的BLAS库的R，例如ATLAS、MKL等。对于windows用户，建议使用Microsoft
R
open，对于类Unix用户，请参考如何使用外部
BLAS
库编译
R。
包
sscVis
是必需的。
要安装此软件包，只需：
install.packages("devtools")
devtools::install_github("Japrin/sscVis")
devtools::install_github("Japrin/sscClust")
例子
运行集群管道以使用所有数据进行集群：
data("sce.Pollen")
sce
【文件预览】：
sscClust-master
----.travis.yml(277B)
----man()
--------classify.outlier.Rd(643B)
--------sce.Pollen.Rd(428B)
--------getAUC.Rd(759B)
--------fftRtsne.Rd(2KB)
--------ssc.clust.Rd(3KB)
--------ssc.reduceDim.Rd(3KB)
--------expressedFraction.Rd(682B)
--------run.SVM.Rd(836B)
--------ssc.run.Rd(4KB)
--------run.KNN.Rd(753B)
--------ssc.clusterMarkerGene.Rd(2KB)
--------classifyCell.by.model.Rd(1KB)
--------run.RF.Rd(1KB)
--------plotPairsCor.Rd(1KB)
--------run.SC3.Rd(1KB)
--------plotSigGene.Rd(1KB)
--------mcrf.Rd(465B)
--------ssc.clustSubsamplingClassification.Rd(3KB)
--------run.limma.matrix.Rd(2KB)
--------run.tSNE.Rd(946B)
--------rank.de.gene.Rd(1KB)
--------classifyCell.by.sigGene.Rd(3KB)
--------reexports.Rd(2KB)
--------expressedFraction.HiExpressorMean.Rd(827B)
--------ssc.variableGene.Rd(2KB)
--------run.DE.matrix.Rd(2KB)
--------integrate.by.avg.Rd(3KB)
--------findKneePoint.Rd(535B)
--------binarizeExp.Rd(1KB)
--------ssc.DEGene.limma.Rd(2KB)
--------findDEGenesByAOV.Rd(2KB)
----data()
--------sce.Pollen.rda(2.11MB)
----NAMESPACE(6KB)
----inst()
--------doc()
--------extdata()
----LICENSE(34KB)
----appveyor.yml(1KB)
----vignettes()
--------sscClust.html(1.19MB)
--------sscClust.iCor.Rmd(12KB)
--------sscClust.iCor.html(1.27MB)
--------sscClust.Rmd(7KB)
----.Rbuildignore(53B)
----.gitignore(40B)
----sscClust.Rproj(404B)
----R()
--------data.R(249B)
--------integrate.R(55KB)
--------sscClust.R(65KB)
--------zzz.R(733B)
--------script_benchmark()
--------utils.R(48KB)
----DESCRIPTION(1KB)
----README.md(2KB)
----.gitattributes(25B)