文件名称：clip_analysis:分析 (PAR-)CLIP 数据的脚本
文件大小：73.6MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-10 03:08:15
Python
PAR-CLIP 数据分析管道 该存储库包含用于分析 (PAR-)CLIP 数据的 Python 脚本，如。 致谢 在这些脚本中实现的 PAR-CLIP 数据分析程序是在过去 5 年里在 Rajewsky 实验室开发的，并收到了许多人的输入和工作。 其中包括乔纳斯·马斯科拉、塞巴斯蒂安·麦科维亚克、米妮卓方、安德拉尼克·伊万诺夫和尼古拉斯·拉杰夫斯基。 它们还与湿实验室密切合作进行了改编和开发，其中 PAR-CLIP 实验由 Svetlana Lebedeva、Agnieszka Rybak-Wolf、Yasuhiro Murakawa（Landthaler 实验室）、Kerstin Baethge（Landthaler 实验室）、Anna-Carina Jungkamp 进行和斯蒂芬妮·格罗斯温特。 作者进一步感谢与 Markus Landthaler 进行的许多富有成效的讨论。 作者和
【文件预览】：
clip_analysis-master
----fdr.py(18KB)
----gff_annotate.py(2KB)
----clip.py(11KB)
----markov.py(2KB)
----byo()
--------annotation()
--------localconfig.py(170B)
--------clip()
--------protein()
--------__init__.py(948B)
--------gene_model.py(15KB)
--------io()
--------systems()
--------track.py(8KB)
--------config.py(817B)
----build_annotation_track.py(6KB)
----2mer_freqs()
--------utr3.2mer(495B)
--------cds.2mer(496B)
--------introns.2mer(527B)
--------hg19.2mer(415B)
----LICENSE(34KB)
----scorethresh.py(1KB)
----collapse_reads.pl(4KB)
----.gitignore(675B)
----sum.py(804B)
----Makefile(4KB)
----elavl1_4su_test_data.fastq.gz(74.31MB)
----README.md(5KB)