文件名称：psf的matlab代码-fit3Dcspline:fit3Dcspline
文件大小：127.93MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 23:37:58
系统开源
psf的matlab代码fit3Dcspline fit3Dcspline是基于GPU的3D单分子钳工，可用于任意的实验性点扩散函数（PSF）。 在消费类图形卡GTX 1070上，拟合速度达到了10 ^ 5 fit / s以上。拟合算法的实现基于最大似然估计，并采用Levenberg-Marquardt优化例程，该例程达到了理论上的最小不确定性。 包括EMCCD和sCMOS噪声模型。 该软件套件还包括一些工具，可用于对不同模态的基于珠子的实验PSF进行稳健建模，并校正深度感应像差。 要求 Matlab R2016a或更高版本 GPU装配工要求： Microsoft Windows 7或更高版本的64位 支持CUDA的图形卡，最低Compute Capability 3.0 兼容CUDA 8的图形驱动程序（用于GeForce产品378.66或更高版本） CPU版本在macOS和Microsoft Windows 7或更高版本的64位上运行 怎么跑 示例代码在文件example_3D_fit.m中可用。 演示代码所需的3D图像堆栈可在文件夹数据中找到。 接触 对此软件有任何疑问/意见，请联
【文件预览】：
fit3Dcspline-master
----README.md(2KB)
----calibrate3Daberrations.m(8KB)
----calibrate3D.m(5KB)
----private()
--------directFilter.m(11KB)
--------images2beads_so.m(2KB)
--------symExpFilt.m(1KB)
--------getspline_so.m(3KB)
--------stackas2z_so.m(2KB)
--------interp3_0.m(9KB)
--------getf0site_so.m(490B)
--------evalBSpline.m(6KB)
--------getzfitpar.m(1KB)
--------bsarray.m(6KB)
--------getgausscal_so.m(1KB)
--------stackas2z2D_so.m(721B)
--------contains.m(126B)
--------segmentb_so.m(2KB)
--------getstackcal_so.m(10KB)
--------computeDelta3Dj_v2.m(2KB)
--------fAt3Dj_v2.m(1KB)
--------registerPSF3D_so.m(5KB)
--------getf0Z_so.m(341B)
--------getBSplineFiltCoeffs.m(15KB)
----calibrate3D_GUI.m(14KB)
----bfmatlab()
--------bfOpen3DVolume.m(2KB)
--------bfopen.m(8KB)
--------private()
--------bfsave.m(5KB)
--------bfGetFileExtensions.m(2KB)
--------bfGetPlane.m(4KB)
--------bfUpgradeCheck.m(2KB)
--------bfCheckJavaPath.m(4KB)
--------createMinimalOMEXMLMetadata.m(4KB)
--------bioformats_package.jar(27.32MB)
--------bfCheckJavaMemory.m(2KB)
--------bfGetReader.m(3KB)
----Supplementary_Figures.pdf(10.51MB)
----source()
--------info.txt(153B)
----example_3D_fit.m(13KB)
----correct_3Daberrations.m(1KB)
----Manuscript_fit3D.pdf(9.91MB)
----sxsy2z.m(1KB)
----data()
--------single_bead.tif(202KB)
--------cme_2um_site_uncorrected_sml.csv(315KB)
--------beadstacks_2D.zip(38.54MB)
--------beads_in_gel_2.csv(13.45MB)
--------beadstacks_3D_astig.zip(36.64MB)
----Licence.txt(2KB)
----shared()
--------CPUmleFit_LM.mexmaci64(83KB)
--------get2Dcorrshift.m(2KB)
--------uigetdirs.m(5KB)
--------myquantile.m(2KB)
--------get3Dcorrshift.m(2KB)
--------connectsingle2c.mexmaci64(9KB)
--------GPUmleFit_LM.mexw64(974KB)
--------maximumfind.c(3KB)
--------cudart64_80.dll(357KB)
--------connectsingle2c.mexw64(8KB)
--------myprctile.m(4KB)
--------copyfields.m(1KB)
--------RegularizeData3D.m(39KB)
--------maximumfind.mexmaci64(8KB)
--------selectManyFiles.m(13KB)
--------Spline3D_interp.m(993B)
--------mleFit_LM.m(2KB)
--------readfile_ome.m(273B)
--------maximumfindcall.m(494B)
--------robustMean.m(4KB)
--------myxcorr.m(129B)
--------maximumfind.mexw64(8KB)
--------CPUmleFit_LM.mexw64(77KB)
----simSplinePSF.m(2KB)