文件名称：psf的matlab代码-PlantClusterFinder:PlantClusterFinder
文件大小：136.34MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 23:48:54
系统开源
psf的matlab代码PlantClusterFinder（1.3版） PlantClusterFinder（PCF）可检测测序基因组中的代谢基因簇。 它使用用户提供的基因定位文件（见下文）和使用Pathway Tools创建的PGDB以及其他信息（见下文）来识别位于染色体上的酶编码基因（代谢基因）。 最初，只允许连续延伸的代谢基因彼此直接相邻。 通过迭代地将中间（非代谢）基因大小增加一倍，可以缓解这种情况。 提供了几个选择集群的标准。 除此之外，可以通过一部分条件来防止形成簇。 可以在PMID：28228535中找到PCF（1.0版）的详细信息。 此版本（1.3）与先前版本（1.0和1.2）之间的主要区别是： 1) Physical breaks of the genome or sequencing gaps of unknown size are typically encoded by stretches of Ns in the genome assembly fasta file. Previously we inserted 20 hypothetical genes
【文件预览】：
PlantClusterFinder-master
----PlantClusterFinder.asv(235KB)
----Expected_results_for_csubellipsoidea()
--------csubellipsoidea_Clust_v1_3.txt(41KB)
--------csubellipsoidea_Gene_v1_3.txt(1.05MB)
----run_PlantClusterFinder.sh(886B)
----get_positions_of_gap.awk(3KB)
----PlantClusterFinder.m(235KB)
----Inputs()
--------ReactionMetabolicDomainClassification.txt(630KB)
--------SuperPathwayList.txt(2KB)
--------PathwayMetabolicDomainClassification.txt(103KB)
--------scaffold-tailoring-reactions-05082016.tab(20KB)
----LICENSE(34KB)
----requiredMCRProducts.txt(18B)
----get_new_line_in.awk(236B)
----._PlantClusterFinder.m(4KB)
----README.md(14KB)
----._README.md(4KB)
----csubellipsoidea()
--------gtpf_CsubellipsoideaC_169_227_v2.0.annotation_info.txt.txt(324KB)
--------glof_CsubellipsoideaC_169_227_v2.0.gene.gff3.txt(483KB)
--------pgdb()
--------MCL_clustering_expected_results()
--------Gapanalysis_expected_results()
--------CsubellipsoideaC_169_227_v2.0.protein.pcf13.fa(4MB)
--------CsubellipsoideaC_169_227_v2.0.hardmasked.fa(47.62MB)
----PlantClusterFinder(57.58MB)
----How_to_compile_new_version.txt(241B)
----mccExcludedFiles.log(2KB)
----readme.txt(4KB)
----enter_new_line_characters_in_fasta_file.awk(2KB)