文件名称：Patel_GBM:从单细胞 RNA-seq 数据推断大拷贝数变异
文件大小：80.15MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-08 01:28:30
R
概述 从单细胞 RNA-seq 数据推断大拷贝数变异 描述的方法 目标是重新创建图 1c 数据源 批量正常 2014 年 1 月 17 日从下载的 GTex RNA-seq 基因读取计数 2014 年 1 月 17 日， 还为所有以“大脑”命名的组织部位下载了 GTex ID 单细胞 单单元 SRA 文件于 2014 年 8 月 1 日从 /SRA (ftp) 下载 2014 年 8 月 5 日还下载了其他 ID/标识符，以将 SRR 运行名称映射到论文中使用的单元名称 数据处理 SRA 文件于 2014 年 8 月 4 日使用 SRA 工具包（sratoolkit.2.3.5-2）转换为 FASTQ 格式。 2014 年 8 月 4 日，使用 Tophat2 (tophat-2.0.10) 对齐 FASTQ，并使用 HTSeq (HTSeq-0.5.4) 进行量化。 2014 年
【文件预览】：
Patel_GBM-master
----results()
--------fig1c.png(973KB)
--------cnv.png(904KB)
----RData()
--------fpm_bulk.RData(66.78MB)
--------fpm.RData(11.77MB)
----scripts()
--------cnv_analysis.R(5KB)
----README.md(2KB)