文件名称：gpseudotime:贝叶斯高斯过程潜在变量模型用于单细胞RNA-seq数据中的伪时间推断
文件大小：4.35MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-28 18:51:22
Julia
gpseudotime 此回购随附了我们的预印。 要重现本文中的数字，请执行以下操作： julia_notebooks中的Jupyter笔记本gpseudotime_all.ipynb和monocle_analysis_inversegamma.ipynb将分别复制合成工作流程和“ monocle”工作流程 将R脚本synthetic_plots.R和monocle_plots.R然后在绘图将重现的数字 请注意，要构造单片眼镜表示形式，您需要运行R_notebooks/vignette.Rmd以获取Laplacian Eigenmaps表示形式。 所有这些都严重依赖于HDF5（通过rhdf5和HDF5.jl库）。 使用bgplvm.jl MH的主要算法在bgplvm.jl 。 简要地说，它是通过以下方式调用的 B_GPLVM_MH (X, n_iter, burn, thin,
【文件预览】：
gpseudotime-master
----plotting()
--------plots2.R(5KB)
--------monocle_plots.R(5KB)
--------plots.R(5KB)
--------all.png(1.24MB)
--------synthetic_plots.R(5KB)
----julia_notebooks()
--------monocle_analysis.ipynb(2.78MB)
--------monocle_analysis_inversegamma.ipynb(2.88MB)
--------gpseudotime_all.ipynb(6.02MB)
--------gpseudotime.jl(11KB)
----bgplvm.jl(11KB)
----README.md(2KB)
----data()
--------t_gt.csv(3KB)
--------embeddings.h5(22KB)
--------README.md(225B)
--------X.csv(6KB)
----cluster_submissions()
--------monocle_template.jl(1KB)
----R_notebooks()
--------vignette.Rmd(6KB)
--------lung.Rmd(3KB)
--------README.md(51B)