NAT-9:从bam文件中提取与面板重叠的读取和映射

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文件名称：NAT-9:从bam文件中提取与面板重叠的读取和映射

文件大小：23KB

文件格式：ZIP

更新时间：2024-04-08 06:31:57

NAT-9：从bam文件中提取与我们的面板重叠的读取和映射 该任务由脚本bin/filter_bam.py 。 用法： filter_bam.py input_bam_file input_tsv_manifest_file output_directory \ -q/--ext_qual 假设input_bam_file是XXX/BAM_FILE.bam 该脚本读取输入的BAM文件的所有条目，并在名为BAM_FILE-filtered.bam output_directory中的BAM文件中输出BAM_FILE-filtered.bam与清单的至少一个扩增子重叠的所有条目。 该脚本还输出两个FASTQ文件（一个正向读取文件和一个反向读取文件，均在output_directory中，并且分别命名为BAM_FILE_L001_R1_001_annot

【文件预览】：
NAT-9-master
----assets()
--------CG001v5.1_Amplicon_Manifest_Panel5.1.14_20201119.tsv(55KB)
----README.md(2KB)
----bin()
--------filter_bam.py(12KB)