文件名称：ncov-ingest：从GISAID和Genbank提取SARS-CoV-2（即nCoV）数据，对其进行转换，将其存储在S3上并触发Nextstrain nCoV重建的管道
文件大小：1.27MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-07 23:01:50
python bash genbank nextstrain ncov
nCoV摄取管道 用于Nextstrain团队摄取和管理SARS-CoV-2基因组序列的内部工具。 这是开源的，但是我们不打算支持外部团体使用它。 在本地运行 如果您使用的是Pipenv（请参见下文），请从./bin/…在pipenv shell运行命令，或将其包裹在pipenv run ./bin/… 。 运行./bin/fetch-from-gisaid > data/gisaid.ndjson 运行./bin/transform-gisaid data/gisaid.ndjson 查看data/gisaid/sequences.fasta和data/gisaid/metadata.tsv 自动运行 接收管道是从GitHub工作流.github/workflows/ingest-master-*.yml和…/ingest-branch-*.yml触发的，但可通过nextstrai