文件名称：ncov:使用nextstrain进行SARS-CoV-2系统发育分析的模板目录
文件大小：451KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-20 03:41:41
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Nextstrain模板目录 包含脚本的存储库，用于使用基因组数据在康涅狄格州执行SARS-CoV-2的近实时跟踪。 耶鲁公共卫生学院的使用此管道，并且在上共享结果。 入门 这个库包含运行预分析准备序列和元数据文件运行脚本augur和auspice ，并为运行nextstrain管道本身。 依存关系 为了能够运行由确定的管道Snakefile ，需要建立一个扩展conda nextstrain环境，这将部署所有依赖由位于该Python脚本要求（模块和包） scripts目录。 检查该目录中的每个脚本，以了解它们在工作流程中的作用。 设置新的conda环境 请按照以下步骤设置conda环境以运行管道。 访问本地计算机中的目录或选择： cd 'your/directory/of/choice' 克隆此存储库ncov git clone https://github.com/anderso
【文件预览】：
ncov-master
----.gitattributes(66B)
----dag.svg(20KB)
----pre-analyses()
--------new_genomes.fasta(1.08MB)
--------GLab_SC2_sequencing_data.xlsx(38KB)
--------extra_metadata.xlsx(264KB)
----scripts()
--------get_coordinates.py(7KB)
--------apply_colour_scheme.py(18KB)
--------seqtree_handler.py(9KB)
--------mask-alignment.py(2KB)
--------crosscheck_metadata.py(2KB)
--------json2fasta.py(2KB)
--------gisaid_metadata_merger.py(3KB)
--------crosscheck_sequences.py(5KB)
--------merge_sheets.py(2KB)
--------add_newgenomes.py(5KB)
--------subsample_metadata.py(9KB)
--------filter_metadata.py(13KB)
--------apply_geoscheme.py(5KB)
--------download_sequences.py(12KB)
----config()
--------clades.tsv(578B)
--------geoscheme.tsv(5KB)
--------weights.tsv(2KB)
--------aligned.fasta(30KB)
--------colour_grid.html(139KB)
--------reference.gb(43KB)
--------cache_coordinates.tsv(20KB)
--------dropped_strains.txt(0B)
--------keep_allinstances.txt(26KB)
--------keep.txt(2KB)
--------remove.txt(12KB)
--------subsampling_scheme2.tsv(677B)
--------auspice_config.json(2KB)
--------subsampling_scheme1.tsv(550B)
--------nextstrain.yaml(386B)
----README.md(6KB)
----Snakefile(13KB)
----.gitignore(53B)