文件名称：matlab中tif图像代码-cellstar:明场显微图像中圆形细胞识别的算法
文件大小：443KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-16 21:01:39
系统开源
matlab中tif图像代码细胞之星 介绍 需要使用延时显微镜对细胞进行自动跟踪，以研究多种生物学问题。 为了限制细胞系制备期间的操作和成像期间的光毒性，通常考虑进行明场成像。 由于将明场图像中的细胞进行分割和跟踪被认为是一项艰巨而复杂的任务，因此已经开发了许多软件解决方案。 CellStar是此类算法之一。 它经过优化可分割和跟踪单层生长的出芽酵母细胞的图像（例如，来自微流体腔室的图像），但是该算法也可以用于跟踪其他圆形物体（在明场以及荧光图像中）。 该解决方案的重要部分是参数拟合机制，该机制允许针对许多不同类型的图像训练和使用CellStar。 更多详情，请浏览我们的网站。 发行版 有三种使用CellStar的方法： python软件包（pip install cellstar） CellProfiler 2.2插件 用于手动管理的matlab版本 插件包不仅包括插件本身，还包括其用法示例，以指导用户如何在给定类型的图像上实现最佳分割。 套餐使用方法 import cellstar input_image = scipy . misc . imread ( "input_image
【文件预览】：
cellstar-master
----setup.py(2KB)
----.gitignore(75B)
----cellstar()
--------core()
--------__init__.py(312B)
--------utils()
--------parameter_fitting()
--------segmentation.py(9KB)
----requirements.txt(59B)
----.travis.yml(362B)
----utils()
--------__init__.py(287B)
--------test_rank_pf.py(3KB)
--------test_param_fitting.py(3KB)
--------explorer.py(8KB)
--------experiments.py(4KB)
--------test_contour_pf.py(4KB)
----examples()
--------use_cellstar.py(792B)
--------output_segmentation()
--------input_images()
----README.rst(3KB)
----tests()
--------__init__.py(266B)
--------test_fitting.py(4KB)
--------test_segmentation.py(3KB)
--------input_utils.py(2KB)
--------test_cell_star.py(10KB)