折腾了好久，才把nios程序烧写到epcs的方法弄明白。开始先在网上搜了下，这方面资料很多，看了半天也没怎么弄明白，无奈，只好去找官方文档，看完后，只想说，官方文档确实给力。下面列出参考资料的地址及具体烧写方法。
ug_nios2_flash_programmer.pdf
下载地址：
开发环境为quartus13.0和Nios EDS 13.0
具体方法如下：
1） Qsys系统中添加epcs controller和sdram controller，epcs的起始地址为0，nios的复位向量指向epcs，执行向量指向sdram。
2） 编译完quartus工程和nios工程，生成sof(SRAM Object File)和elf(Executable and Linking Format File)文件。
3） 使用quartus的Programmer工具将sof文件下载到FPGA中。
4） 在Eclipse中打开Flash Programmer，如下图所示。
图1
5） 新建Flash Programmer Settings File，选择工程下的.BSP文件(也可以选择.sopcinfo文件)，如下图所示，OK。
图2
6） 点击Connections(必须先完成第3步)，出来如下界面，再点击Refresh Connections，更新完后，点击System ID Properties(Altera推荐qsys系统中最好添加System ID核，它为系统提供唯一的标识符)，然后关闭。
7） 点击Add，先后添加sof文件和elf文件，如下图所示。
8） 点击Start即可，不出意外，等待一会即完成了文件的烧写。