两个框架的共同点：跨平台、跨浏览器
对于我而言，YUI更像是类似MFC这样的重型框架，里面什么都有，API非常的标准化，适合构建各种管理系统的UI，非常方便，但速度相对比较慢。 jQuery就像是一个轻骑兵，轻量级，可扩展，经典的链式调用让你的程序逻辑非常的简介明了。
建议：
(1) 企业内部管理系统可以考虑使用YUI，可以很方便地创建各种类似桌面应用体验的服务；
(2) 对速度和流量要求比较高的网站，建议使用jQuery。
对于我而言，YUI更像是类似MFC这样的重型框架，里面什么都有，API非常的标准化，适合构建各种管理系统的UI，非常方便，但速度相对比较慢。 jQuery就像是一个轻骑兵，轻量级，可扩展，经典的链式调用让你的程序逻辑非常的简介明了。
建议：
(1) 企业内部管理系统可以考虑使用YUI，可以很方便地创建各种类似桌面应用体验的服务；
(2) 对速度和流量要求比较高的网站，建议使用jQuery。
我觉得有一个非常形象的比喻：jQuery就像一把万能钥匙，大部分锁都可以被你轻松打开，但有很多较为复杂的锁是无能为力的；而YUI则是一个开锁人工具箱，有很多的工具，只要你懂得配合使用就可以打开所有的锁。
知乎用户、katncandix2、Gary Chen 等人赞同
个人喜欢YUI多一点，其实两者各有所长所短。适合于不同的情况下来使用。
jQuery (不包括jQuery UI之类的增强及插件) 更多的好象一个基本的工具类，涵盖了DOM操作，Event绑定，基本动画，Ajax封闭，以及大量的工具方式，便利的语法结构。简单的插件机制。
YUI2的时候，似乎也做了同样的事，不过Yahoo的工程师更喜欢“重”的方式，规范的类结构，名字空间，Event, Dom的封闭，然后在这个基础上也进一步集成了许多UI的控件。
到了YUI3的时候，更清楚的底层结构，Sandboxing，让你可以容易的整合其他的Javascript Library。这个时候，YUI倒更象是一个框架而不是函数库(library)。
淘宝的Kissy框架 https://github.com/kissyteam/kissy, 或者WebQQ用到的Jet框架 http://code.google.com/p/j-et/ 都或多或少的受YUI3框架结构的启发，弱化，而建立一个供自己使用的更精巧的框架。（有时候自主框架的好处是快速的Fix以及灵活的面对你的项目需求，版本控制）。
所以我的最终的建议是，如果是快速的原型开发，或者小型， UI复杂度底的时候，选择jQuery。如果是需要有自己长期维护的UI较多的多页面的项目，选择 YUI似乎是更好的决定。
jQuery (不包括jQuery UI之类的增强及插件) 更多的好象一个基本的工具类，涵盖了DOM操作，Event绑定，基本动画，Ajax封闭，以及大量的工具方式，便利的语法结构。简单的插件机制。
YUI2的时候，似乎也做了同样的事，不过Yahoo的工程师更喜欢“重”的方式，规范的类结构，名字空间，Event, Dom的封闭，然后在这个基础上也进一步集成了许多UI的控件。
到了YUI3的时候，更清楚的底层结构，Sandboxing，让你可以容易的整合其他的Javascript Library。这个时候，YUI倒更象是一个框架而不是函数库(library)。
淘宝的Kissy框架 https://github.com/kissyteam/kissy, 或者WebQQ用到的Jet框架 http://code.google.com/p/j-et/ 都或多或少的受YUI3框架结构的启发，弱化，而建立一个供自己使用的更精巧的框架。（有时候自主框架的好处是快速的Fix以及灵活的面对你的项目需求，版本控制）。
所以我的最终的建议是，如果是快速的原型开发，或者小型， UI复杂度底的时候，选择jQuery。如果是需要有自己长期维护的UI较多的多页面的项目，选择 YUI似乎是更好的决定。