由于集群中有些软件需要，java安装的是1.7版。现在想使用IGV来浏览基因组比对数据，IGV需要使用java1.8,于是安装
yum install java-1.8.0-openjdk-devel.x86_64
我这自动添加进环境变量了
直接就是1.8版本，未自动添加的需要自己配置一下java环境
export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.71-2.b15.el7_2.x86_64
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/jre/lib/rt.jar:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
IGV下载
http://software.broadinstitute.org/software/igv/download
下载这个。
解压后直接运行./igv.sh即可
直接在集群上使用igv.sh无法界面显示。windows下安装xming,下载路径
https://sourceforge.net/projects/xming/files/latest/download
安装完后启动，配置putty
在connection->ssh->x11，把Enable X11 forwarding打上勾，远程登录后，R
plot(0)测试了下，可弹出图片。
运行./igv.sh不显示界面，报错。安装xmanager,百度搜索即可下载
xmanager下载，下载安装完后，运行运行Xmanager-Passive，然后启动putty远程登录的集群。
试了下xclock，时钟出来了，
运行./igv.sh反应比较慢，得多等一等。
开始加载hg19参考基因组了。添加自己的待查看bam文件，可正常显示了。
