之前一般只做了两个蛋白质结构的比对，打开pymol，先后导入两个蛋白质的pdb文件，然后align即可。如下图所示：
当遇到需要再加一个蛋白质结构的比对时，我的第一反应也是利用pymol的align功能，但是发现与第三个加进来的结构比对时，另外一个就出去了，自己不知道如何将三个结构通过pymol叠加比对在一起。
下面就介绍通过coot软件的方法针对多个结构比对的步骤：
首先需要去coot官网(https://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/ccp4wiki/index.php?title=Coot)下载对应电脑系统的软件版本。我自己下载的windows版本，即WinCoot。然后安装完成，双击图标打开：
下面介绍比对原理：
以三个蛋白结构为例，先导入一个蛋白结构坐标作为固定结构，然后导入第二个蛋白结构，作为移动坐标，Calculate —>SSM superpose后，File -->save coordinates保存移动坐标对应的pdb文件，再导入第三个需要比对的结构，同样方法进行superpose后保存对应的移动坐标的pdb文件。即B与A比对后，保存B，导入C再与A比对。
现在就有了三个pdb文件，一个是原有的作为固定的pdb蛋白结构，另外两个是经过移动比对后保存的对应坐标的pdb文件。最后将这三个pdb文件导入pymol软件中可视化显示作图即可。
由于作图美观的需要，这里顺便提一下通过命令如何修改helix的厚度和宽度：
pymol > set cartoon_oval_width, 0.2
pymol > set cartoon_oval_length,0.8
ray
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