通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的，但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的，这里就需要我们将不同samples的文件进行合并，可以通过vcftools的perl模块进行，但是这种方式对perl的要求较高，且操作比较复杂，这里我们选择使用Bcftools，操作简便。
分三步：
- 将vcf进行压缩，批量压缩的方法：
bgzip -c -f -@ merge.vcf > merge.vcf.gz -c, --stdout write on standard output, keep original files unchanged
-f, --force overwrite files without asking
-@, --threads INT number of compression threads to use []
2. 对生成的vcf.gz进行index：
bcftools index [options] <in.bcf>|<in.vcf.gz> -t, --tbi generate TBI-format index for VCF files
3.合并操作：
bcftools merge [options] <A.vcf.gz> <B.vcf.gz> [...] -m, --merge <string> allow multiallelic records for <snps|indels|both|all|none|id>, see man page for details [both]
-o, --output <file> write output to a file [standard output]
-O, --output-type <b|u|z|v> 'b' compressed BCF; 'u' uncompressed BCF; 'z' compressed VCF; 'v' uncompressed VCF [v]
-l, --file-list <file> read file names from the file