文件名称：回归树matlab代码-GENIE3:基于机器学习的方法可根据表达数据推断基因调控网络
文件大小：1.52MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-11 16:52:34
系统开源
回归树matlab代码GENIE3 基于机器学习的方法，可根据表达数据推断基因调控网络。 GENIE3方法在以下论文中描述（可用）： Huynh-Thu V. A., Irrthum A., Wehenkel L., and Geurts P. Inferring regulatory networks from expression data using tree-based methods. PLoS ONE, 5(9):e12776, 2019. GENIE3的四个实现可用：Python，MATLAB，R / randomForest和R / C。 每个文件夹都包含一个PDF文件，其中包含有关如何运行代码的分步教程。 注1：R / C实现也可以从安装。 注2： PLoS ONE论文中介绍的所有结果都是使用MATLAB实现生成的。 GENIE3基于回归树。 为了学习这些树，Python实现使用该库，MATLAB和R / C实现分别是编写的C代码的MATLAB和R包装器，而R / randomForest实现使用R包。 R / C实现是最快的GENIE3实现，是为SCENIC管道开发
【文件预览】：
GENIE3-master
----GENIE3_running_times_DREAM5_nov16.png(18KB)
----GENIE3_R()
--------GENIE3_R_doc.pdf(176KB)
--------data.txt(11KB)
--------GENIE3.R(12KB)
----GENIE3_MATLAB()
--------example_data.mat(8KB)
--------RT()
--------GENIE3_single.m(5KB)
--------GENIE3_MATLAB_doc.pdf(178KB)
--------get_link_list.m(4KB)
--------GENIE3.m(4KB)
----README.md(2KB)
----GENIE3_python()
--------GENIE3_python_doc.pdf(182KB)
--------data.txt(11KB)
--------GENIE3.py(13KB)
----GENIE3_R_C_wrapper()
--------GENIE3.c(55KB)
--------GENIE3_R_C_wrapper_doc.pdf(178KB)
--------data.txt(11KB)
--------GENIE3.R(13KB)