文件名称：tact:完整树木的分类法添加
文件大小：59KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-25 08:16:57
Python
TACT-完整树的分类法添加 使用出生-死亡模型模拟的分类法为骨干系统发育增加提示 安装 TACT需要Python3。如果可能，我们建议使用PyPy 3实现，因为它可以显着加快TACT分析的速度，尤其是在大型数据集上。 此外，TACT取决于click，DendroPy，NumPy和SciPy软件包。 码头工人 用户发现这是最简单的方法。 安装并运行以下命令下载TACT映像： docker pull jonchang/tact:latest 然后，从容器映像运行TACT，使它可以访问您当前的工作目录： mkdir -p examples cd examples curl -LO https://raw.githubusercontent.com/jonchang/tact/HEAD/examples/Carangaria.csv curl -LO https://raw.github
【文件预览】：
tact-master
----poetry.lock(26KB)
----pyproject.toml(964B)
----.github()
--------dependabot.yml(343B)
--------workflows()
----Dockerfile(795B)
----tact()
--------lib.py(12KB)
--------cli_check_trees.py(5KB)
--------__init__.py(19B)
--------cli_taxonomy.py(5KB)
--------cli_add_taxa.py(24KB)
--------fastmrca.py(915B)
----tests()
--------test_create_clade.py(800B)
--------test_bd_optim.py(532B)
--------test_convert.py(676B)
--------data()
--------conftest.py(648B)
--------test_lik_constant.py(1KB)
--------__init__.py(0B)
--------test_yule.py(406B)
--------test_add_taxa_integration.py(4KB)
----LICENSE(1KB)
----examples()
--------Carangaria.tre(17KB)
--------Carangaria.csv(97KB)
--------README.md(778B)
----.gitignore(91B)
----README.md(6KB)