文件名称：Lithops-METASPACE：METASPACE空间代谢组学注释管道的基于Lithops的无服务器实现
文件大小：9.59MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-02 01:48:24
serverless metaspace serverless-examples lithops cloudbutton
带有Lithops的无服务器METASPACE 该存储库演示了如何使用在云资源上运行。 METASPACE是用于空间代谢组学的云引擎，可对成像质谱数据进行分子注释。 它需要一个成像质谱数据集并输出在数据集中表示的分子（例如代谢产物和脂质），并具有指定的分数和错误的发现率。 METASPACE是免费和开放源代码，由的欧洲和美国的慷慨资助下开发。 全世界有超过500个用户在使用这个不断增长的社区。 有关更多信息，请访问。 注释高分辨率成像质谱数据通常需要多个CPU天和超过100GB的临时存储，这通常使它无法在典型的台式计算机上运行。 Lithops允许将处理几乎无缝地转移到云计算资源，在管道的密集阶段快速扩展以使用您选择的云中可用的计算能力（例如IBM Cloud中的1000个并行调用），并在不密集的过程中进行缩减可并行化的阶段以最小化成本。 该存储库包括注释管道的两个变体实现，可以通
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Lithops-METASPACE-master
----runtime()
--------knative()
--------ibm_cf()
----experiment-1-typical.ipynb(9KB)
----annotation-pipeline-demo.ipynb(610KB)
----experiment-2-interactive.ipynb(6KB)
----experiment-3-large.ipynb(6KB)
----setup.py(1006B)
----README.md(11KB)
----metabolomics()
--------db_config5.json(459B)
--------ds_config6.json(231B)
--------ds_config.json.template(229B)
--------ds_config2.json(239B)
--------db()
--------db_config2.json(246B)
--------ds_config5.json(245B)
--------db_config7.json(691B)
--------db_config.json.template(267B)
--------README.md(3KB)
--------ds_config3.json(242B)
--------db_config6.json(483B)
--------db_config3.json(270B)
--------db_config4.json(478B)
--------ds_config1.json(251B)
--------ds_config4.json(241B)
--------db_config1.json(141B)
----annotation_pipeline()
--------check_results.py(5KB)
--------molecular_db_local.py(4KB)
--------fdr.py(7KB)
--------utils.py(9KB)
--------metaspace_fdr.py(7KB)
--------formula_parser.py(2KB)
--------segment.py(24KB)
--------__init__.py(73B)
--------validate.py(3KB)
--------pipeline.py(19KB)
--------segment_ds_vm.py(9KB)
--------isocalc_wrapper.py(2KB)
--------__main__.py(2KB)
--------image.py(11KB)
--------cache.py(3KB)
--------molecular_db.py(14KB)
----.gitignore(124B)