文件名称：gcapc:具有GC效果调整功能的ChIP-seq峰调用
文件大小：3.35MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-28 09:05:35
R
gcapc：可以感知GC效果的峰值调用者 介绍 ChIP-seq已被广泛用作检测蛋白质结合区的标准技术，其中开发了峰调用算法专门用于分析。 现有的峰调用者由于测序技术而无法对峰的重要性进行排名，因此可能会遭受序列背景偏差，例如GC偏差。 gcapc旨在通过将GC效应建模为峰值调用来解决这一缺陷。 安装 gcapc是一个R / Bioconductor软件包，可以使用记录的源代码或仅通过进行安装。 如果选择了GitHub源安装，请确保已预安装依赖项R软件包，如文件中所示。 然后，使用以下代码安装gcapc 。 library (devtools) install_github ( "tengmx/gcapc" ) 另外，通过Bioconductor进行安装非常简单。 source ( "https://bioconductor.org/biocLite.R" ) biocLite
【文件预览】：
gcapc-master
----man()
--------refineSites.Rd(6KB)
--------gcapcPeaks.Rd(4KB)
--------read5endCoverage.Rd(2KB)
--------refinePeaks.Rd(3KB)
--------peaksCAT.Rd(2KB)
--------gcEffects.Rd(6KB)
--------bindWidth.Rd(2KB)
----NAMESPACE(963B)
----inst()
--------CITATION(606B)
--------NEWS(433B)
--------extdata()
----vignettes()
--------gcapc.bib(224B)
--------gcapc.Rmd(11KB)
----R()
--------gcEffects.r(14KB)
--------refineSites.r(11KB)
--------peaksCAT.r(3KB)
--------read5endCoverage.r(3KB)
--------refinePeaks.r(9KB)
--------bindWidth.r(5KB)
--------gcapcPeaks.r(12KB)
----DESCRIPTION(975B)
----README.md(1KB)