文件名称：MSPC：使用来自重复样本的综合证据评估ChIP-seq峰
文件大小：2.38MB
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更新时间：2024-03-19 05:57:53
analysis next-generation-sequencing chip-seq peak genome-analysis
| | 关于 ChIP-seq样品的分析输出许多富集区域，每个富集区域指示蛋白质与DNA的相互作用或特定的染色质修饰。 当读取的分布与背景显着不同且其对应的显着性度量（p值）低于用户定义的阈值时，将调用富集区域（通常称为“峰值”）。 当分析重复样品时，预期会有重叠的富集区域。 因此，可以将这种重复的证据用于局部降低接受峰所需的最低显着性。 在这里，我们提出了一种联合分析弱峰的方法。 给定一组来自（生物或技术）重复的峰，该方法结合了重叠富集区域的p值：用户可以选择一个重叠峰合并显着性的阈值，并设置重叠峰应为当下。 该方法允许“救援”出现在多个重复样本中的弱峰，并为每个重复样本输出一组新的富集区域。 通常，该方法根据用户定义的和富集区域分为，或区域。 然后，如果弱和严格的富集区域的组合严格度至少与一样重要，则该方法将或这些区域。 然后，该方法对已确认的富集区域执行多次测试校正，从而识