文件名称：snpsea：确定受遗传风险基因座影响的细胞类型和途径
文件大小：6.44MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-02-18 11:38:19
bioinformatics risk-loci gene tissue gene-sets
SNPsea：一种识别受风险基因座影响的细胞类型，组织和途径的算法 主页： : 文档： | 可执行文件： 数据： 许可证： 引文 如果您受益于这种方法，请引用： Slowikowski，K。等。 SNPsea：一种识别受风险基因座影响的细胞类型，组织和途径的算法。 生物信息学（2014）。 doi： 请在此处查看算法的第一个说明和其他示例： Hu，X。等。 将自身免疫风险基因座与基因表达数据相结合，可以鉴定出特定的致病性免疫细胞亚群。 美国人类遗传学杂志89，496–506（2011）。 描述 SNPsea是一种算法，用于识别可能受风险基因座影响的细胞类型和途径。 它需要一个SNP标识符列表以及一个基因和条件矩阵。 全基因组关联研究（GWAS）已发现多个与不同类型疾病风险相关的基因组基因座。 SNPsea提供了一种简单的方法来确定这些风险基因座中受基因影响的细胞类型。 假设与疾病相关的等位基因影响少数病原细胞类型。 我们假设在那些细胞类型中具有关键功能的基因很可能在该疾病的风险基因位点内。 我们假设基因对细胞类型的特异性是合理的指标，说明其对该细胞类型的
【文件预览】：
snpsea-master
----example.sh(658B)
----src()
--------Makefile(1KB)
--------common.h(8KB)
--------snpsea.h(6KB)
--------option.cpp(12KB)
--------Makefile-osx(1KB)
--------zfstream.cpp(13KB)
--------zfstream.h(12KB)
--------data.cpp(39KB)
--------ezOptionParser.h(67KB)
--------Makefile-linux(1KB)
----bin()
--------snpsea-barplot(8KB)
--------snpsea-type1error(2KB)
--------snpsea-osx64(296KB)
--------snpsea-heatmap(6KB)
--------snpsea-linux64(6.43MB)
----LICENSE(33KB)
----run_snpsea.job(1KB)
----commands.txt(10KB)
----README.md(5KB)
----docs()
--------supplementary.rst(7KB)
--------output.rst(1KB)
--------Makefile(7KB)
--------index.rst(476B)
--------conf.py(8KB)
--------visual.rst(916B)
--------data.rst(10KB)
--------installation.rst(4KB)
--------references.rst(4KB)
--------introduction.rst(2KB)
--------figures()
--------usage.rst(13KB)
--------algorithm.rst(14KB)
--------www-mpg()
----CITATION(2KB)