文件名称：gssw:字符串与部分有序的字符串图的有效对齐
文件大小：5.98MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-14 04:52:21
C
GSSW（字符串到图形对齐器） 用于基因组应用的图形SIMD Smith-Waterman C / C ++库 作者：埃里克·加里森，亚当·诺瓦克，乔丹·埃森加，赵梦瑶 概述 GSSW是到图形的扩展泛化。 该存储库以提供对比对得分矩阵，H和E向量的访问的方式扩展了主要的。 使用这些功能，我们扩展了递归关系，该递归关系定义了图矩阵中各个结点之间的得分矩阵中的得分。 除了SSW的标准评分功能外，GSSW还支持仿射间隙，将回溯图固定到最佳的起始或结束节点，以及全长对齐的优点，可通过在附近的少量错配来阻止软剪辑的产生。读取结束。 通过使用gssw.h中描述的基本方法构造图形，您可以将读图与该图对齐，并获得由图“雪茄”组成的图映射，该“雪茄”描述了跨图中节点的读取的最佳对齐方式以及图的起始位置。第一个节点上的对齐方式。 节点包含(char*)的指针，可用于链接到任意元数据。 引文 如果在工作过程中
【文件预览】：
gssw-master
----.gitignore(25B)
----Makefile(1KB)
----src()
--------ssw_cpp.cpp(11KB)
--------ssw_cpp.h(8KB)
--------example.cpp(2KB)
--------simde()
--------example.c(6KB)
--------gssw.h(40KB)
--------example_adj.c(7KB)
--------main.c(17KB)
--------kseq.h(8KB)
--------gssw.c(263KB)
--------gssw_test.c(18KB)
----.travis.yml(38B)
----.gitmodules(90B)
----README.md(4KB)
----demo()
--------54mer_hap1_1.100.fa(9KB)
--------1k.fa(1021B)
--------10k.fa(10KB)
--------1M.fa(977KB)
--------54mer_hap1_1.100.fastq(14KB)
--------test.seq(103B)
--------ref.fa(10.6MB)
--------10M.fa(9.54MB)
--------100k.fa(98KB)
----CMakeLists.txt(1KB)