文件名称：CN_and_SV：用于单细胞和批量DNA测序分析的脚本
文件大小：95.39MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-07 05:29:07
MATLAB
CN_and_SV
【文件预览】：
CN_and_SV-main
----RPE1_SingleCell()
--------CN_plus_SV_plot.m(8KB)
--------CN_segmentation.m(3KB)
--------SegmentCN.m(3KB)
--------collectSampleSupportFB.m(5KB)
--------JointProcessing_shortSVs.m(8KB)
--------CNplot.m(2KB)
--------JointProcessing_InterBkps.m(4KB)
--------SV_analysis.m(125B)
--------SVCleaning.m(4KB)
--------Haplotype.mat(49.37MB)
--------ProcessingBySampleGroup_IntraBkps.m(4KB)
--------loadDiscordantReads.m(6KB)
--------ProcessingBySampleGroup_InterBkps.m(4KB)
--------exportCircos.m(620B)
--------CalculateAllelicCN.m(6KB)
--------collectSampleSupport.m(5KB)
--------SegCNPlot.m(2KB)
--------collectSampleSupportShortSVs.m(5KB)
--------SVFiltering.m(1KB)
--------AllelicDepthProcessing.m(5KB)
--------ReadDepthNormalization.m(4KB)
--------SI_AllelicPlotByChr.m(17KB)
--------CN_analysis.m(701B)
--------JointProcessing_IntraBkps.m(3KB)
----GenomeFeatures()
--------GCbins.mat(4.84MB)
--------ChrArms.mat(2KB)
--------hg38.bins.mat(27.58MB)
--------hg38.mat(32KB)
----RPE1_Bulk()
--------RPE-Bulk2_discordantR2.mat(11.7MB)
--------RPE-Bulk2_discordantR1.mat(11.36MB)
--------RPE-Bulk2_pairInfo.mat(3.55MB)
----README.md(12B)
----Algorithms()
--------cluster_pairs.m(8KB)
----Plotting()
--------gBandPlot.m(948B)
--------ChrCovPlotAllelic.m(3KB)
--------plot_RA.m(526B)
--------GenomeWideCovPlot.m(388B)
----NG.2021()
--------10X()
--------60X()