【文件属性】：
文件名称：伯马
文件大小：26KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-02-17 08:46:14
Python
伯马
乙ayesian我nferentialřegression为d。微分中号icrobiome一种alysis（鸟）是用于通过贝叶斯推理执行差分丰度分析的框架。
该存储库中的许多代码都是改编自并受其启发
安装
conda install -c conda-forge dask biom-format patsy xarray
pip install cmdstanpy
git clone git@github.com:gibsramen/BIRDMAn.git
cd BIRDMAn
pip install .
您必须cmdstan通过cmdstanpy.install_cmdstan函数安装cmdstan 。
用法示例
import biom
from birdman import NegativeBinomial
import pandas as pd
tbl = biom .
【文件预览】：
BIRDMAn-main
----MANIFEST.in(22B)
----.github()
--------workflows()
----birdman()
--------util.py(5KB)
--------default_models.py(4KB)
--------__init__.py(105B)
--------model_base.py(4KB)
--------templates()
----LICENSE(1KB)
----environment.yml(3KB)
----setup.py(451B)
----README.md(1KB)
----Makefile(164B)
----docs()
--------util.rst(80B)
--------make.bat(795B)
--------models.rst(231B)
--------conf.py(2KB)
--------user_defined_model.rst(48B)
--------index.rst(2KB)
--------Makefile(634B)
--------default_model_example.rst(58B)
----tests()
--------test_util.py(3KB)
--------test_model.py(1KB)
--------__init__.py(0B)
--------conftest.py(1KB)
--------data()
----.readthedocs.yml(89B)
----.gitignore(179B)