文件名称：MIMIC_ICU：用于定义和比较MIMIC-III数据库中现有ICU再入院风险评分的代码
文件大小：24.56MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-14 20:35:47
R
MIMIC_ICU代码存储库 定义和比较MIMIC-III数据库中现有ICU再入风险评分的代码。 它由以下核心模块组成。 extract_patients 该模块使用MIMIC-III数据库并通过资格标准进行筛选，以生成“可用” ICU患者的数据集，可以随时对其进行重新定义。 出于数据安全原因，此数据集文件将不会上传到github。 目前提取出接受手术治疗或转为手术治疗的患者。 preprocess_data 对于在extract_patients中定义的所有患者，此模块将预处理有关其人口统计信息和ICU停留时间的所有MIMIC数据。 这个过程很大程度上遵循Lin等人的工作流程。 2018年1月，可以在Python代码中找到和 。 它输出选定患者的所有人口统计，住院/转移和输入（诊断/过程/处方）数据。 split_events 该脚本将“事件”表（chartevents，input
【文件预览】：
MIMIC_ICU-main
----MIMIC_ICU.Rproj(190B)
----scripts_phase2()
--------2_prediction_script.R(2KB)
--------1_bayesian_models.R(3KB)
----.gitignore(477B)
----renv()
--------activate.R(12KB)
--------.gitignore(32B)
--------settings.dcf(169B)
----functions()
--------apache_ii.R(14KB)
--------NA_count.R(213B)
--------in_hospital_mortality.R(330B)
--------distance_4D.R(829B)
--------calibration.R(391B)
--------run_lines.R(86B)
--------apache_ii_mort.R(11KB)
--------fialho_variables.R(5KB)
--------parallel_setup.R(346B)
--------make_pool.R(2KB)
--------inverse_logit.R(99B)
--------calculate_apache_score.R(4KB)
--------comorbidity_map_icd9.rda(6KB)
--------event_filter_discharge.R(346B)
--------apache_ii_discharge.R(15KB)
--------in_unit_mortality.R(315B)
--------nomogram_convert.R(906B)
--------brier_extraction.R(357B)
--------fluid_balance.R(10KB)
--------mimic_load.R(1KB)
--------filename_metadata.R(325B)
--------flag_within_discharge.R(346B)
----scripts_phase4()
--------2_split_events.R(8KB)
--------3_extract_predictors.R(23KB)
--------1_define_outcomes.R(3KB)
----.Rprofile(26B)
----writeup()
--------thesis.bst(29KB)
--------phase1_writeup.tex(36KB)
--------phase2_writeup.tex(2KB)
--------phase1_writeup.pdf(558KB)
--------figures()
--------ICU_refs.bib(5KB)
--------phase2_writeup.pdf(95KB)
----models()
--------cooper_bayes.rds(14.2MB)
--------hammer_bayes.rds(5.34MB)
--------apache_model.RDS(1.53MB)
--------hammer_frequentist.rds(2.13MB)
--------hammer_frequentist(2.13MB)
----scripts_phase3()
--------4_plot_comparisons.R(6KB)
--------2g_amelia_impute.R(2KB)
--------2e_missForest_impute.R(2KB)
--------2a_mean_impute.R(4KB)
--------3_compare_imputations.R(31KB)
--------2b_hotdeck_impute.R(6KB)
--------2d_KNN_impute.R(3KB)
--------1_create_missing.R(3KB)
--------2c_mice_impute.R(3KB)
--------2f_pca_impute.R(2KB)
----Bayesian_Hammer()
--------app.R(10KB)
--------hammer_posteriors.RDS(3.51MB)
----README.md(4KB)
----renv.lock(48KB)
----scripts_phase1()
--------4_split_events.R(6KB)
--------6_compare_scores.R(20KB)
--------3_define_outcomes.R(2KB)
--------5_extract_predictors.R(23KB)
--------2_preprocess_data.R(5KB)
--------7_recalibrate_models.R(13KB)
--------8_plots_figures.R(9KB)
--------1_extract_patients.R(2KB)