文件名称:PADOG:重叠基因减权的通路分析
文件大小:474KB
文件格式:ZIP
更新时间:2024-07-09 03:23:30
R
PADOG:重叠基因加权的通路分析 这个包实现了一种称为 PADOG 的通用基因集分析方法,它淡化了经常出现在要分析的基因组中的基因的重要性。 该软件包还使用来自 KEGGdzPathwaysGEO 软件包的 24 个公共数据集,在灵敏度、排序、特异性(空 p 值)和 FDR 方面为基因集分析方法提供了基准。 安装 最新发布的版本: source( " http://bioconductor.org/biocLite.R " ) biocLite( " PADOG " ) 来自 github 的最新开发版本: ups = installed.packages()[, " Package " ] biocp = c( " KEGGdzPathwaysGEO " , " KEGG.db " , " limma " , " AnnotationDbi " ,
【文件预览】:
PADOG-master
----vignettes()
--------PADOG-002.pdf(5KB)
--------PADOG.blg(906B)
--------PADOG.pdf(188KB)
--------PADOG.R(3KB)
--------PADOG.out(197B)
--------PADOG.aux(5KB)
--------Thumbs.db(15KB)
--------PADOG.tex(13KB)
--------PADOG.bbl(9KB)
--------PADOG-fig1.pdf(17KB)
--------PADOG.bib(9KB)
--------PADOG.Rnw(11KB)
--------PADOG.log(22KB)
----NAMESPACE(751B)
----COPYING(18KB)
----DESCRIPTION(1KB)
----inst()
--------doc()
--------examples()
----R()
--------padog.R(13KB)
--------util.R(2KB)
--------filteranot.R(2KB)
--------compPADOG.R(11KB)
--------compFDR.R(20KB)
----.Rbuildignore(151B)
----build()
--------vignette.rds(221B)
----README.md(7KB)
----man()
--------compFDR.Rd(10KB)
--------compPADOG.rd(7KB)
--------padog.Rd(6KB)
--------filteranot.Rd(3KB)
----.gitignore(72B)